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圖片來源:MIT News, Xinqiang Ding and Bin Zhang
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藥物只有與目標(biāo)蛋白相結(jié)合才能發(fā)揮作用,而評估這種結(jié)合能力是藥物發(fā)現(xiàn)和篩選過程中的一個關(guān)鍵障礙。該能力由結(jié)合自由能衡量,結(jié)合自由能越小,結(jié)合能力越大。近日,美國麻省理工學(xué)院(MIT)團隊發(fā)明了一種新的機器學(xué)習(xí)算法 DeepBAR,可以通過精確、快速計算結(jié)合自由能來計算候選藥物與其靶點間的結(jié)合能力。該算法通過在被稱為深度生成模型的機器學(xué)習(xí)框架中部署 Bennett acceptance ratio(BAR,一種幾十年來用于計算結(jié)合自由能的算法),來削減耗時的中間狀態(tài),并借鑒計算機視覺領(lǐng)域的經(jīng)驗,使得該算法與之前最先進的方法相比,只需少量時間就能產(chǎn)生精確的計算結(jié)果。在使用小蛋白類分子的測試中,DeepBAR 計算結(jié)合自由能的速度比之前的方法快近 50 倍。研究人員表示,DeepBAR 可以加速新藥研發(fā)和蛋白質(zhì)工程的進步,并計劃提高 DeepBAR 運行大型蛋白質(zhì)計算的能力。該研究于 3 月 16 日在《物理化學(xué)通訊雜志》(Journal of Physical Chemistry Letters)發(fā)表。(MIT, Journal of Physical Chemistry Letters)
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